Шорты по верх костюма в принципе можно, но это получается дайверский вариант. Если одевать шорты по верх костюма, то нужна резина от 5 мм, а это уже лишние груза.
Если позволяет костюм, то лучше, по моему мнению, под костюм. Сам юзаю шорты (3 мм).
Дело в том что в районе стыка двух штанин

тоже гуляет, и не только водичка

, и здесь идут наибольшие теплопотери. Утеплив это место мы, защищаем самое ценное от переохлаждения, и избавляемся от неприятного чувства, которое доставляет гуляющая смесь воды и … .
Летом когда вода прогревается, можно использовать для нырялки можно использовать только шорты и куртку, штаны оставляем дома. Единственный недостаток этого комплекта – контакт водорослей или рыбы (которая сидит на кукане) с открытыми участками кожи ног.